Bersamaan dengan Matahari, pengaruh gravitasi Musytari telah membantu membentuk Sistem Suria. Orbit sebagian besar planet di Sistem Suria lebih dekat dari bidang orbit Musytari daripada bidang khatulistiwa Matahari (Merkurius adalah satu-satunya planet yang lebih dekat dengan khatulistiwa Matahari). Celah Kirkwood di sabuk asteroid disebabkan oleh Musytari, dan planet ini juga mungkin mengakibatkan terjadinya Pengeboman Berat Akhir dalam sejarah Sistem Suria dalam.[110]

jmpl|Diagram ini menunjukkan asteroid-asteroid Troya di orbit Musytari dan juga sabuk asteroid utama. Bersamaan dengan satelit-satelitnya, medan gravitasi Musytari mengontrol beberapa asteroid yang telah menetap di titik Lagrangian sehingga asteroid-asteroid ini mengikuti dan mendahului Musytari di orbitnya. Asteroid ini disebut asteroid Troya dan terbagi menjadi kelompok Yunani dan Troya. Asteroid Troya pertama 588 Achilles ditemukan oleh Max Wolf pada tahun 1906; semenjak itu lebih dari dua ribu asteroid Troya telah ditemukan.[111] The largest is 624 Hektor.

Sebagian besar komet berperiode pendek tergolong dalam kelompok Musytari, yang didefinisikan sebagai komet dengan sumbu semimayor yang lebih kecil dari Musytari. Komet kelompok Musytari diyakini terbentuk di sabuk Kuiper di luar orbit Neptunus. Saat sedang mendekati Musytari, orbit-orbitnya mengalami perturbasi sehingga periode orbitnya menjadi lebih kecil dan kemudian orbitnya tersirkulerisasi oleh interaksi gravitasi sekata dengan Matahari dan Musytari.[112]

Tubrukan

jmpl|Citra Teleskop Angkasa Hubble yang diabadikan pada 23 Juli yang menunjukkan bekas tubrukan sepanjang 5.000 mil yang disebabkan oleh peristiwa tubrukan Musytari 2009.[113][113][105][101][101] Musytari telah dijuluki sebagai pembersih Sistem Suria[114] karena gravitasinya yang besar dan letaknya di dekat Sistem Suria dalam. Planet ini merupakan planet yang paling sering ditubruk oleh komet.[115] Sebelumnya diduga planet ini melindungi sistem Sistem Suria dalam dari komet. Namun, simulasi komputer menunjukkan bahwa keberadaan Musytari tidak mengurangi jumlah komet yang memasuki Sistem Suria dalam.[116] Topik ini masih kontroversial karena beberapa astronom meyakini bahwa Musytari menarik komet ke arah Bumi dari sabuk Kuiper, sementara astronom yang lain memercayai bahwa Musytari melindungi Bumi dari awan Oort.[117]

Survey gambar-gambar astronomis dalam sejarah pada tahun 1997 menunjukkan bahwa astronom Cassini mungkin telah mengabadikan bekas tubrukan pada tahun 1690..[118] Bola api diabadikan oleh Voyager 1 saat mendekati Musytari pada Mac 1979.[119] Antara 16 Juli 1994 hingga 22 Juli 1994, lebih dari 20 pecahan dari komet Shoemaker–Levy 9 (SL9, sebelumnya disebut D/1993 F2) bertubrukan dengan belahan selatan Musytari. Tubrukan ini membantu memberi informasi mengenai komposisi atmosfera Musytari.[120][121]

Pada 19 Juli 2009, bekas tubrukan ditemukan di bujur 216 derajat di Sistem 2.[122][123] Tubrukan ini menyisakan bintik hitam di atmosfera Musytari dengan ukuran yang kurang lebih sebesar Oval BA. Pengamatan inframerah menunjukkan keberadaan titik cerah di tempat terjadinya tubrukan, sehingga menunjukkan bahwa tubrukan ini memanasi atmosfera bawah Musytari di dekat kutub selatan Musytari.[124]

Sebuah bola api yang lebih kecil dari tubrukan yang diamati sebelumnya ditemukan pada 3 Juni 2010 oleh Anthony Wesley, seorang astronom amatir di Australia, dan nantinya ternyata juga direkam oleh seorang astronom amatir lain di Filipina.[125] Bola api lain dilihat pada 20 Agustus 2010.[126] Pada 10 September 2012, bola api lain ditemukan.[119][127]